柯南、灰原及少年偵探隊成員步美、光彥、元太隨博士這日露營完畢，繞道參觀西多摩市新建于富士山前的日本第一雙塔摩天大樓，毛利小五郎恰也應(yīng)雙塔所有者、他的學(xué)妹常盤美緒之邀，攜小蘭、園子參加開幕典禮。美緒介紹下，他們認(rèn)識以畫富士山聞名的畫師如月峰水、市議員大木巖松、雙塔的設(shè)計者風(fēng)間英彥（森谷帝二的弟子，第一彈《引爆摩天樓》中，森谷曾向新一挑戰(zhàn)）、天才程序員原。期間灰原的舉動異常?！　〈竽咎崆叭胱塔被害，目暮警官著手調(diào)查發(fā)現(xiàn)他與美緒似有不同尋常關(guān)系，不久原亦被殺害于家中。因?yàn)楝F(xiàn)場都留有與日本畫畫師作畫時所用的乳缽相似的小酒杯碎片，兩起案件似系一人所為?？履嫌尚【票?lián)想到灰原曾效力的、以酒名為綽號的黑暗組織，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血跡。與此同時他找到灰原舉動異常的原因，卻發(fā)現(xiàn)她正被人追蹤。而園子玩笑弄的發(fā)式令她像極了雪莉（灰原）?！　￠_幕酒會上，美緒向賓客展示如月最為寶貴的富士山畫作時被殺，死相正如橫亙在富士山正中的雙塔的縮影圖，她的身下也有一個小酒杯，不過卻是完好的。地上一顆原本該呆在美緒脖子上的珍珠令柯南將目光轉(zhuǎn)向如月。緊接，A樓美緒公司電腦檔案所在的樓層及地下配電室發(fā)生爆炸。逃亡時刻，柯南注意到正有一支槍瞄準(zhǔn)園子，心中給出了所有疑問的答案，但他及小蘭等人最迫切需要解決的卻是如何從火海逃脫。

在GPS與芹澤軍團(tuán)的惡戰(zhàn)之后，鈴蘭高中進(jìn)入短暫的和平期。芹澤多摩雄（山田孝之 飾）讓出老大寶座，瀧谷源治（小栗旬 飾）則持續(xù)向恐怖的林田惠（深水元基 飾）發(fā)起沖擊。8個月時間轉(zhuǎn)瞬即逝，鈴蘭與宿敵鳳仙學(xué)院的風(fēng)波再起?！　赡昵埃ㄎ魅剩ò⒉窟M(jìn)之介 飾）所率領(lǐng)的鈴蘭軍團(tuán)與美藤真喜雄率領(lǐng)的鳳仙學(xué)院展開大戰(zhàn)?；鞈?zhàn)中，川西刺死真喜雄，他也隨后被送入少管所。為防止傷亡進(jìn)一步增加，鈴蘭和鳳仙簽訂了停戰(zhàn)協(xié)議。兩年后，川西出獄，遭到鳳仙學(xué)院的追殺。芹澤出面阻撓，瀧谷的介入更摧毀雙方的停戰(zhàn)協(xié)議。繼承了真喜雄遺志的鳴海大我（金子ノブアキ 飾）和美藤龍也（三浦春馬 飾）決定以此為契機(jī)徹底摧毀宿敵鈴蘭高中……

寒冷的懷俄明州山谷中，一輛馬車載著賞金獵人“絞刑者”約翰·魯斯（庫爾特·拉塞爾 Kurt Russell 飾）及其價值一萬美元的獵物黛西·多摩格（詹妮弗·杰森·李 Jennifer Jason Leigh 飾）踏雪而行。途中，黑人賞金獵人馬奎斯·沃倫少校（塞繆爾·杰克遜 Samuel L. Jackson 飾）和新人警長克里斯·馬尼克斯（沃爾頓·戈金斯 Walton Goggins 飾）相繼登上馬車，紅石鎮(zhèn)是他們共同的目標(biāo)。由于風(fēng)雪太大，馬車停在了米妮男裝店，然而熟悉的店主人不知去向，卻另有四名不速之客百無聊賴地待在店里。約翰時刻擔(dān)心他人搶走獵物，馬奎斯警惕地掃視面前的陌生人們，多嘴多舌的克里斯不時為緊張的氣氛中加油添醋，黛西則似乎等待更大的風(fēng)暴到來?！　》路鹋c世隔絕的小店內(nèi)，即將刮起一場更為猛烈的風(fēng)暴……

楠木賴子（高橋美佳子 配音）是個14歲的初中生，在班上沒什么朋友，但偶然得到班上極為耀目的美少女柚木加菜子（戸松遙 配音）的青睞，兩人成為朋友，不料相約乘電車去看湖時飛來橫禍，加萊子落下站臺被列車軋成重傷。刑警木場修太郎（關(guān)貴昭 配音）調(diào)查此案，發(fā)現(xiàn)加萊子似乎有著神秘的重要身 份，同時以多摩為中心，整片地區(qū)陸續(xù)發(fā)現(xiàn)許多被分尸的尸體殘塊，關(guān)注整個事件的中禪寺敦子（桑島法子 配音）、關(guān)口巽（木內(nèi)秀信 配音）、鳥口守彥（浪川大輔 配音）為了寫出內(nèi)幕報道，調(diào)查中在森林中發(fā)現(xiàn)古怪建筑物，如巨大的匣子，一切謎底的最終還要靠京極堂（平田広明 配音）揭開……